Бригадный генерал Корпуса морской пехоты США Френсис Хаммел (Эд Харрис) потерял в ходе нескольких секретных операций 83 подчиненных и до предела возмущен тем, что правительство отказалось выплачивать компенсации их семьям — ведь официально этих операций не было. Ради восстановления справедливости Хаммел решается на крайние меры: он со своими людьми похищает ракеты со смертоносным газом VX и удерживает 81 заложника из числа туристов на заброшенном острове-тюрьме Алькатрас. Затем по телефону он угрожает директору ФБР нанести по Сан-Франциско ракетный удар в том случае, если 100 миллионов долларов не будут перечислены и выплачены в качестве компенсации семьям военнослужащих, погибших в тайных операциях.
Для разрешения опасной ситуации вызывают агента ФБР и специалиста по химическому оружию Стэнли Гудспида (Николас Кейдж), который вместе с бывшим шпионом MI6 Джоном Патриком Мэйсоном (Шон Коннери) — единственным человеком когда-либо сбежавшим со «Скалы» — и командой SEAL ВМС США отправляются на остров. Параллельно командование готовит массированную бомбардировку острова бомбами с термоплазмой, способной нейтрализовать VX.
Они проникают в Алькатрас по подземным тоннелям, однако отряд спецназа попадает в засаду в душевой, в живых остаются только пара Гудспид и Мэйсон, на которых возлагается вся надежда на спасение многомиллионного города и его жителей. Бывший шпион собирается уйти, но Стэнли раскрывает ему правду про опасность, грозящую Сан-Франциско. У Мэйсона там живёт дочь, а у Гудспида — беременная невеста.
Вдвоём им удаётся обезвредить почти все ракеты. Хаммел отказывается стрелять по городу и погибает в стычке с взбунтовавшимися морпехами. Стенли обезвреживает последнюю ракету и успевает подать сигнал зелёной шашкой, командование в последний момент отменяет бомбардировку. Несмотря на то, что Мэйсону обещана свобода в случае успеха, директор ФБР уничтожает приказ о помиловании. Зная об этом ещё до высадки на остров, после завершения успешной операции Стэнли сообщает по рации, что Джон погиб. Тот скрывается, рассказывая в благодарность Гудспиду о местонахождении секретных документов, накопленных в свое время Эдгаром Гувером. Среди этих документов – сведения об убийстве Джона Кеннеди, документы об инопланетянах в Розуэлле и т.п.
В конце фильма Стэнли с женой похищают ножку скамьи из церкви, где спрятаны секретные микрофильмы.
